在选好主角性别与名字之后，就进入口袋世界冒险！开始时主角从自己家走出来，向草地那里走，结果被大木博士叫住，博士把我邀到研究所，发现博士的孙子小茂也在，我可以在 3 只妖怪拿一只，正当走之时，小茂向你挑战，（如果没有信心的话可以事先把计算机里的伤药取出），战胜后去常盘时的商店拿了小东东，（路上碰见一常盘市道具店的店员，伤药入手）把小东东交给博士后，博士送你一个图鉴，离开后去小茂家，向小茂姐姐要地图（此时不要地图，以后就没有了）原来在常盘市路上闹酒喝的老爷爷已经起来了，他在教主角抓 PM 之余还送了一台教学电视（おしえデレビ），常盘市左边水池旁有个人，但现在还没有办法和他聊聊，再往左走和小茂碰面，又是一场战斗。
通过常盘市之后一路向北，来到常青森林，里面都是些绿毛虫和独角虫，一路来到日比市，右边信道有人把手，由于没有妖徽章，无法通过，之后来到小刚的道馆挑战，战胜后得到灰色的徽章，市博物馆可以花 50 元去参观参观，是古代 PM 的化石，而博物馆后门进去更是有 …… 但有棵树挡住这时候右边能通过，刚一出去，就遇上研究所的所员，送来了妈妈给的动衣，这下按住 B 键就能跑的快些了路上有一些妖怪的训练家，可以提高一写妖怪的等级，接着来到月亮山洞，在山洞洞口旁边的 PC 屋里，可以花 500 元买到一只鲤鱼王，（本人也买了 20 级的暴鲤龙相当厉害）在山洞遇到一些火箭队的抵抗，战胜后，还可以遇到一个考古学家，将他打败后可以从他身后的两块化石中选一块给自己。
（左边镰刀盗普攻普防强劲，右边菊石兽，普防特攻高超，选一只自己喜欢的吧。
）好不容易出了山洞来到花田市，这里有一个自行车商店出售自行车，不过现在绝对买不起，来到道馆找小霞挑战，将其击败后得到蓝色徽章，之后一路向北，在路口遇到小茂，取胜之后得到语言检索机（ボイスチャカ - ）继续北上，经过桥时连战胜 5 人后得到了金球，之后给金球的人要求我加入火箭队，正义的我怎么会答应，打败他！途中有很多的训练家挑战你，最后来到地图的东北角的一栋小屋，进去和皮皮融合在一起的正树（マサキ）对话，然后来到计算机前，启动计算机，把他恢复成原样，他出来后对我一阵感谢，送给我一张船票，出来后再进去的话他会给我看看他的 PM 收藏，是伊布和它的 3 种进化形态，按原路返回花田市，这时候右侧门口的警察以经离开，在屋后发现火箭队，战胜后他把偷来的特技机器 28“ 挖洞 ” ，由于右面道路被一棵大树挡着，目前只能向下走，途中可以来到一间饲养屋（旁边的草丛有喵喵哦，他可以在战斗后随机捡道具，多带几个吧，我可是带了 3 只 ^-^ ），里面有人专门帮你饲养妖怪，在饲养屋下面有一个地下过道，由于下面房屋有人组阻拦，无法通行，只能从地下过道通过。
之后来到枯叶市，在 PC 中心护士下方的人对话，战斗检索器（バトルサ - チャ - ）入手由于去道馆的道路也被一棵树挡着，来到左边海岸旁的一个口袋妖怪俱乐部里（道馆上面的小屋），和会长谈完后，会长送你一张兑换卷（可以拿到花田市的自行车店里兑换一辆自行车）在 PC 屋左边的小屋里还可已得到一枝初级鱼竿，一路到了码头旁边，和门口的水手交谈得知有艘豪华邮轮正在停在码头上，出示船票已后来到船内，可以去各个房间找那些来自世界各地的妖怪训练家对战一番，可以从入口右边往左数的第二个房间内恢复妖怪的体力还是可以在厨房的垃圾桶内找到 3 颗果实（现在不拿，以后就没得拿）最后在船长室的门口遇到小茂，取胜后来到船长室，和船长交谈之后，帮晕船的船长拍背后，船长不晕了（我要晕了），船长便把 01 号特技居合斩赠送给我，离开邮轮以后主角，再次来到枯叶市道馆前的小树旁，使用居合斩砍掉树木，进入道馆找马志士挑战，战胜之后得到橘色徽章。
出了码头往右走，进入地鼠山洞，进去之后就可以来到原来常青森林旁，继续下行，在一栋房子内和一个人对话，如果你拥有的妖怪数超过 10 种，就可以得到 05 特技闪光，拥有居合斩后记得到以前被树挡住的地方，有不少收获哦！走出山洞后，这时候就可以去花田市右边的道路了，路上会有众多的妖怪训练家向你挑战，最后来到岩山隧道前，进洞使用 05 特技闪光，继续往下走，来到紫宛市，这里有一栋幽灵塔，沿楼梯而上，遇到了小茂，再次战胜他后继续往上走在最后一层的入口初突然出现了一个奇怪的妖怪拦住路，由于无法前进，只好先下楼。
和一些居民对话后，离开紫宛市，经过一个地下过道，来到玉虫市，这里有个百货大楼，百货大楼的顶楼有自动售卖机，分别买三种饮料给左边的一个小女孩，可以得到三种不同的技能机器，在百货大楼右边的大厦顶层还可以得到一只伊贝（从后门进），在和里面的一个老奶奶对话还可以得到茶（重要道具，没有得到将无法发展剧情），在 PC 屋的下方一家餐厅的左上角和一个客人对话可以得到硬币盒，来到火箭游戏中心，仔细找找地板，多和人聊聊，可以得到共 170 枚硬币，看到最上面一幅画面前站着一个人，上去和他对话（居然说他在看守海报，还真是 %*—# ，）战胜他之后那家伙突然跑了，对着画（按 A 键）壁画的右边突然出现了一条楼梯，在地下四层打败右上的火箭队队员后得到电梯钥匙以后上楼梯，找到 BOSS ，击败后得到显微镜，（果然是火箭队开的游戏中心），再去玉虫市的道馆，战胜后得到彩虹徽章。
接下来回到紫宛市，在幽灵塔的顶层入口再次遇到那只神秘的妖怪，是可拉可拉的母亲嘎蜡嘎拉（捕捉不能），打败她之后她安心地升天了，来到顶层救出富士老人（又是火箭队搞鬼）打败它之后来到顶层救出富士老人，将妖怪魔笛送给主角，这下就可以收复拦在到路中间的卡比兽了，再次来到玉虫市，往左边走，在卡比兽的身边使用妖怪魔笛，将其召唤对战（我把两只都收了，真的不错啊！右边的那只下面的房子的主人送终极钓竿）将卡比兽的上方树木砍掉，来到最左边的屋里，和一个女的对话会得到 02 号特技飞行，用自行车通过下面的路，来到石竹市， PC 屋左边的房子里的老人是著名的忘却爷爷，可以帮忙忘记招数，包括密传机器，在 PC 屋的右边的屋里和老爷爷（狩猎区的负责人）对话，答应他帮忙寻找丢失在狩猎区的金牙，去狩猎区，在最深处找到金牙，在旁边的房子内还可以得到 03 特技冲浪，带着东东回到了爷爷的家里，老爷爷将 04 号特技怪力送给了我，爷爷右边边的房子里的人还会送好钓钓竿之后来到阿诘把守的道馆内向他挑战，胜利后得到爱心徽章。
使用飞行特技，来到玉虫市，出城往右走，经过一个大门，和忠于职守但口渴的门卫对话后，把茶送给了他，于是他感激地让我通过并把胜下的茶分给其它 3 个门卫，来到山吹市，来到希鲁佛总部大楼，来到五楼的下方找到开门所需要的钥匙卡，在九楼的女社员会帮忙回复 PM 的战斗力，通过这一层左上的传送点，再踏上右边的传送点，来到七楼，和小茂对战，和旁边的一个人对话，他送我一只在实验室养大的乘龙（蛮好用）之后踏上传送点，来到顶楼找到火箭队的老大，将其击败后，成功救出希鲁佛公司的老板，他送我一个大师球，出了大楼往上走，来到左边的妖怪道馆，打败所有人后馆主送我一只妖怪，二选一（左沙瓦郎，右艾比郎 , 沙瓦郎普攻要稍微高些，艾比郎防御要好点，选一个吧）接下来是山吹市正式的道馆，通往馆主的传送装置在左上的左下，击败馆主后，将其得到黄金徽章。
现在再回石竹市，向南走，经过一段距离冲浪以后来到双子岛，里面有几块石头需要推到河里将水堵住，这样才可以前行，在最深处有一只冰鸟，从另一个洞口出来，继续向左走，（或者从老家向下）就会来到红莲岛，这里有个妖怪化石研究所（月亮山洞的化石和日比市博物馆得到的神秘琥珀放在这）来到道馆门前，发现门被锁了，钥匙被藏在左边的废弃大楼，（超梦的诞生地，桌上日记的内容就是记载捕捉梦幻、培育超梦和超梦不受控制的内容）在最深处找到钥匙，然后来到道馆面前将门打开，道馆里每个人旁边都有一台问题机，调查后可以回答问题（具体问题内容和答案见攻略最后），回答出来可以直接往下走，回答错误则开打，直接和人对话也可以开打，进入击败馆主后得到火焰徽章，出道馆大门就被正树叫住，然后被带到一艘船（选否则他会在 PC 里等待，再和他对话即可走了，由于进岛开始不能用电脑，去换好 PM 先），然后来到一个新地方（桔子群岛）出了码头，来到 PC 屋里，得知现在电脑故障要找两宝石，来到这个岛的北部，发现一个温泉山洞，和上方的一个老大爷对话还可以得到 06 号特技碎石，出了山洞后继续往北面走，经过一段水路之后来到一座山面前，在山顶上遇到传说中的三神鸟之一的火鸟（神鸟不错，可作收藏，但需要把它打成红血再异常状态后才比较容易抓，如果没有理想的应付 PM 的话以后也可以再来）之后回到码头，这时候可以去二号岛屿，在游戏中心对话后，决定帮忙寻找他们家的小女孩，在小岛山顶有个屋子里的人可以教你的主角 PM 隐藏的必杀技，继续座快艇来到三号小岛，（这儿的电脑是和关东的连网的，所以能用）来到后和挡路的飞车党对战，战后某人送了个恢复药作为感谢，最后在树果森林的最深处找到采树果的小女孩，突然跳出素利拍，原来小女孩被他催眠了，胜利后小女孩也回到了家里来到一号小岛，被人送回红莲岛，利用飞行特技来到常盘市，先前关闭的道馆大门现在已经打开，馆主正是火箭队老大！这次他作为道馆馆主和我进行对决，将其击败后，他去修炼了 …… ，将其击败后得到羽毛徽章。
接下来就是去冠军道路挑战四大天王！隐藏关通关以后读取存盘，博士将我带到研究所里将妖怪图鉴升级为 386 图鉴（需要妖怪捕获数在 60 只以上）之后来到枯叶市的码头，坐船回到一号小岛，和 PC 屋右边的那个博士谈话之后他把船票和地图升级，然后往北走，来到捉火鸟的山脚下，上了台级往右走，在尽头发现两个火箭队的成员守在一个山洞口，和他们对战后，进入山洞，在最深处找到了一块红宝石，出了山洞，回到一号岛屿的 PC 屋里，将刚才在山洞得到的红宝石交给右边的博士，出了 PC 屋，来到码头，现在以经可以坐船去四号小岛。
来到四号小岛，（冰天王康娜的老家），发现了一个妖怪饲养屋，现在才可以让妖怪生蛋，另外还在一个居民家里得到进入训练员塔的通行证，从四号岛屿上右边的小水塘里游过去，来到了一个冰冻的瀑布里，进入瀑布左边的洞里，在里面找到 07 号特技攀登，攀上那条瀑布了，在山洞里面遇到了冰天王，她正在训斥一群火箭队员，我见到这个欺负火箭队员的好机会当然不会放过了，和冰天王一起轻松搞定了他们，在冰天王的威胁下得到了开门的密码（またまた ダマダマ，以后会用到），之后来到码头，坐船到五号岛，岛右下有火箭队的基地，使用密码后 …… 门还没有开，原来还少另外一段，只好坐船到了六号小岛和岛上的人谈话后，来到小岛最南部的大门前，用砍树特技将大门打开，在最深处找到一块蓝宝石，但没有密码拿不走这时候火箭队的一个研究员突然到来，抢走蓝宝石，顺便得到了另外一段密码（カブトはとぶか，汗 …… 甚么幺样的密码啊），追到五号小岛上的火箭队基地里（基地里有特殊的球，隐藏的），来到五号小岛上右边的火箭队研究所里，拿回蓝石，来到一号岛屿的 PC 屋里，将找到的蓝宝石交给博士，最后可以到七号小岛！小岛路上山洞里的石头分别推入凹坑里，神秘 PM 安侬就会出现在下面的遗迹里最后就可以回到花田市，在花田市的左边山洞拦住出口的人现在已经离开，终于可以进入山洞捕捉最强的口袋妖怪超梦了采纳哦。
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有谁知道宠物小精灵第二部AG的目录的？
岩石系道馆（1~16）AG01.新的大地！新的冒险！（小遥加入，并得到新人用火稚鸡） AG02.古代神奇宝贝与神秘军团！T AG03.橙华道馆对抗过动猿！（小胜加入） AG04.傲骨燕多多！危险多多！在橙华森林收服它！（小智收服傲骨燕，小刚归队） AG05.蛇纹熊与短裤少年!小遥的第一场战斗！ AG06.火箭队！疯狂乱抓，再见了!（武藏的阿柏怪、小次郎的双弹瓦斯离队，小次郎得到沙漠奈亚） AG07.木守宫的森林！保护大树！（小智收服木守宫） AG08.饭匙蛇对抗木守宫！必杀的拍击攻击！（武藏收服饭匙蛇） AG09.怪奇！蘑蘑菇大宅之谜？ AG10.史上最强的大嘴鸥?! AG11.大狼犬与土狼犬，进化的神秘 AG12.莲叶童子与花店三姊妹 （小刚获得莲叶童子） AG13.神奇宝贝华丽大赛！狩猎凤蝶的华丽战斗！ AG14.双打比赛，捕捉刺尾虫 （小遥和武藏各收服一只刺尾虫） AG15.用功 神奇宝贝训练家培育学园！ AG16.卡那兹道馆！朝北鼻的秘密武器！（皮卡丘学会铁尾，小智得到岩石徽章） 格斗系道馆（17~31）AG17.得文制造有限公司！水舰队之影！ TAG18.哈奇老人与长翅鸥小皮！ AG19.逃离巨牙鲨之岛！ AG20.武斗道馆！冲浪的道馆训练家藤树登场 AG21.刺尾虫对刺尾虫！到底是哪一只? AG22.大吾！可可多拉和波士可多拉 AG23.海边的捣蛋鬼——龙虾小兵登场！（小智收服龙虾小兵） AG24.奔跑吧小智！越过利牙鱼之河！（小遥的刺尾虫进化成甲壳蛹，武藏的刺尾虫进化成盾甲茧） AG25.秘密之池！好多水跃鱼 （小刚收服水跃鱼） AG26.长鼻叶族的袭击 AG27.火岩队对抗水舰队，秘密基地的战斗！T AG28.狩猎凤蝶与毒粉蝶！进化之后！ （小遥的甲壳蛹进化成狩猎凤蝶，武藏的盾甲茧进化成毒粉蝶） AG29.勾魂眼的惊奇 AG30.格斗少女与玛沙那！暴风雨之中! AG31.再战武斗道馆！乘浪的战斗场地！（小智得到拳击徽章） 电气系道馆（32~40）AG32.废弃之船！悄悄靠近的影子 AG33.小遥的劲敌！特训！神奇宝贝华丽大赛！S AG34.最初拿到的神奇宝贝，大混乱! AG35.小遥！初次挑战神奇宝贝华丽大赛！S AG36.保护海之博物馆，火岩队的袭击！T AG37.美女与野兽?狡猾天狗和乔伊小姐 AG38.正电拍拍和负电拍拍！山上的灯塔! AG39.唱歌！神奇宝贝戏法屋！ AG40.紫堇道馆！铁旋的电击战斗！（小智得到电力徽章） 火炎系道馆（41~56）AG41.木守宫的新绝招！西瓜园的种子机枪（小智的木守宫学会种子机关枪） AG42.电萤虫与甜甜莹！爱的舞蹈! AG43.飞吧宝贝龙！迎向明天！ AG44.小霞登场！波克比和梦幻王国！（小霞归队）X AG45.海市蜃楼的那边 波克比的乐园！（小霞的波克比进化成波克基古；波克基古离开小霞；小霞离队）X AG46.战斗家庭！4比4！ AG47.向尾喵和芳香治疗 （小遥收服向尾喵） AG48.猫鼬斩VS饭匙蛇！ 劲敌对决 AG49.小胜VS胜人！守护溜溜糖球！ AG50.神奇宝贝华丽大赛 秋叶大会！S 恰雷姆，华丽对战（小遥得到缎带）S AG52.正电拍拍和负电拍拍，应援之道 AG53.向尾喵和协助 呆火驼牧场 AG54.再次遇见火岩队&水舰队！烟突山作战！T AG55.新人道馆训练家亚莎 满地坑洞的战斗场地 AG56.热血徽章！在燃烧的战斗中得到它！（小智得到烈焰徽章） 一般系道馆（57~70）AG57.好多晃晃斑！找寻山另外一边的幸福 AG58.闯越钢之谷！煤炭龟VS大钢蛇 （小智收服煤炭龟） AG59.紫堇道馆再度VS 雷电兽！ AG60.向尾喵与优雅猫！传说中的协调训练家登场！（小遥的向尾喵学会暴风雪） AG61.戴面具的协调训练家，假面使者登场！！S AG62.绿茵镇 神奇宝贝华丽大赛！（小遥得到缎带）S AG63.太阳岩和莲帽小童！神圣森林的传说！（小刚的莲叶童子进化成莲帽小童） AG64.青绵鸟的天空！小遥的心！ AG65.溶食兽击退大作战！ AG66.一触即发！爆音怪VS森林蜥蜴 （小智木守宫进化成森林蜥蜴） AG67.跳舞战斗！乐天河童！ AG68.爸爸是偶像！？冒牌的道馆训练家！ AG69.橙华道馆的危机！家庭危机！ AG70.橙华道馆战！第五个徽章！ （小智得到天秤徽章） 飞行系道馆（71~85）AG71.大木博士和小田卷博士！秘密基地之战！ AG72.双人合作赛，小智对抗小遥！？ AG73.禁忌森林的国王 妙蛙花！（小遥得到妙蛙种子） AG74.妙蛙种子和妙蛙种子！夺回宝贝球！（小智的妙蛙种子归队本集结束后离队） AG75.对决！巨大鲶鱼王和钓鱼高手 AG76.天秤偶和雾中的遗迹！ AG77.强敌！？妈妈级协调训练家登场！S AG78.神奇宝贝华丽大赛 长寿大会！S AG79.跳跳猪在找的东西！？ AG80.首度挑战！空中竞技 神奇圆环！（小智傲骨燕进化成大王燕） AG81.怨影娃娃的大宅！ AG82.森林格斗王！？力壮鸡VS斗笠菇（小遥的火稚鸡进化成力壮鸡） AG83.天气研究所的漂浮泡泡！T AG84.茵郁市的羽翼嘉年华会！（小次郎得到风铃铃） AG85.茵郁道馆！天空之战！（小智得到白羽徽章） 超能力系道馆（86~100）AG86.喷火驼载着电影来！ AG87.神秘！从宇宙来的神奇宝贝！？ AG88.香蕉懒人翁园的卡比兽！ AG89.皮卡丘加入火箭队！？ AG90.抵达水静市！能量方块和回转攻！ AG91.神奇宝贝华丽大赛 水静大会！ （小遥得到缎带） AG92.那三只登场，裁判学校之岛！ AG93.珍珠贝和跳跳猪！寻找珍珠！ AG94.古空棘鱼与深海的秘宝！ AG95.猎斑鱼与樱花鱼！进化之谜！ AG96.肌肉对战！？双打比赛！ AG97.固拉多VS盖欧卡！（前篇）T AG98.固拉多VS盖欧卡！（后篇）T AG99.枫和南！宇宙中心的战斗！ AG100.绿岭道馆！太阳岩与月石！（小智得到心灵徽章） 水系道馆（101~111）AG101.大海男儿！四天王源治登场！ AG102.诸星博士之岛！化石神奇宝贝出现！（小遥的妙蛙种子学会花之舞） AG103.伊札贝岛 神奇宝贝华丽大赛！小心劲敌！？（哈利登场，小遥得到缎带）H AG104.封印巨大念力土偶！ AG105.大嘴娃谈恋爱！莲帽小童的花之路!（小刚的莲帽小童进化成乐天河童） AG106.大颚蚁和超音波幼虫！梦幻之湖! AG107.阿勃梭鲁！悄悄靠近的灾难之影! AG108.抓住雪童子！(小智收服雪童子) AG109.拯救拉鲁拉丝！小胜快点！ AG110.琉璃道馆！水的艺术家·亚当！（前篇） AG111.琉璃道馆！水的艺术家·亚当！（后篇） （小智得到雨滴徽章） 华丽大型庆典&彩幽大会（112~132）AG112.直冲熊！友情的形式!? AG113.梦幻岛的小果然 S AG114.滚动吧！恋爱的顿甲 AG115.混战、混乱！神奇宝贝华丽大赛 暮水大会（前篇） AG116.混战、混乱！神奇宝贝华丽大赛 暮水大会（后篇）（小遥得到缎带） AG117.用小遥美食收服小卡比兽！？（小遥得到小卡比兽） AG118.劲敌登场！政宗和铁哑铃 AG119.怪盗班纳伊与缎带奖杯 AG120.小智与小遥，在丰缘大陆的激烈战斗 AG121.开幕！大型庆典（1）！S/H AG122.热斗！大型庆典（2）！S/H AG123.决战！大型庆典（3）！（小智的雪童子进化成冰鬼护，小遥止步凯那华丽大型庆典前8强）S/H AG124.来野外求生吧！ AG125.抵达彩幽市！穿着长靴的喵喵!? AG126.预赛开始！政宗登场！ AG127.开幕！彩幽大会！ AG128.通往决胜锦标赛！战斗白热化的日子！ AG129 然后…不能输的战斗依然持续！ AG130 劲敌对决！VS政宗 AG131.最后的激战！通往优胜之路 （小智止步彩幽大会前8强） AG132.亚希达先生与对战开拓区!?（小霞片尾归队，小遥离队并狩猎凤蝶和向尾猫寄放在家，小刚离队并乐天河童放在家，小胜片头离队，片尾归队）X 对战工厂（133~136）AG133.大木研究所！全员大集合！（小遥归队并得到杰尼龟，小智的煤炭龟和冰鬼护寄放在大木研究所，小遥把妙蛙种子寄放在大木研究所，小智的小小象归队，小刚片尾归队）X AG134.月见山！皮宝宝与皮皮与皮可西！（小霞离队）X AG135.初阵！对战工厂！（前篇） （小智的喷火龙归队并学会过热） AG136.初阵！对战工厂！（后篇）（喷火龙离队，小智得到知识象征） 对战竞技场（137~149）AG137.大岩蛇的王国！ AG138.胖丁的歌，爸爸的歌！ AG139.劲敌对决！收服风速狗！S AG140.可达鸭的忧郁！ AG141.狃拉与吸盘魔偶！哪一家餐厅！？ AG142.进化！它的神秘与奇迹！ AG143.神奇宝贝华丽大赛 金黄大会！（前篇）H AG144.神奇宝贝华丽大赛 金黄大会！（后篇）（小遥得到缎带）H AG145.格斗道场！小智VS小遥 AG146.超能力系VS幽灵系！深夜中的决斗！？ AG147.魔尼尼登场！休息之馆！（小次郎的风铃铃离队，同时得到魔尼尼） AG148.水跃鱼与绵绵！恋爱的特效药！？ （小刚的水跃鱼进化成沼跃鱼） AG149.对战竞技场！格斗对决！（卡比兽归队本集结束后离队，小智获得毅力象征） 对战巨蛋（150~153）AG150.抚养家老板与神奇宝贝蛋！（小遥得到蛋，皮卡丘学会伏特攻击） AG151.对手是上班族？！（小遥得到缎带） AG152.哈克龙之湖! AG153.对战巨蛋！火焰与水的融合（小智得到战术象征） 对战水管（154~158）AG154.震撼！吃惊！电击怪（小智的小小象进化成顿甲） AG155.神奇宝贝保育家登场！拯救雪拉比作战 AG156.爱哭树与忍者学校（小刚收服爱哭树） AG157.穿越时空的小遥（小遥的蛋孵化成伊布） AG158.对战水管大热斗！对抗水管皇后小蓟！（小智得到运气象征） 对战宫殿（159~164）AG159.优胜将落入谁的手中？定向越野竞赛 AG160.小卡比兽的出道赛！与哈利一决胜负！H AG161.森林蜥蜴VS热带龙！草原的决斗！（小智的森林蜥蜴进化成蜥蜴王，蜥蜴王暂时用不了绝招） AG162.神奇宝贝华丽大赛 让叶大会！（力壮鸡学会百万吨飞腿，小遥得到缎带）S AG163.蜥蜴王！复活的黎明！（蜥蜴王可以用绝招了） AG164.激战！在对战宫殿的丛林对抗赛！（小智的赫拉克罗斯本集归队后离队，小智得到精神象征，蜥蜴王学会阳光烈焰） 对战塔（165~170）AG165.爱哭树国王与魔尼尼皇后？！ AG166.摩天大楼的红色闪电 AG167.决胜战，小遥VS小刚！（小遥得到缎带）S AG168.迷唇娃与迷唇姐三姐妹 AG169.对战塔大君，莉拉登场（小智的肯泰罗归队） AG170.对战塔，心传心的战斗（小智得到才能象征，小智的肯泰罗离队） 华丽大型庆典&对战金字塔（171~190）AG171.神奇宝贝保育家，代欧奇希斯危机（前篇） AG172.神奇宝贝保育家，代欧奇希斯危机（后篇） 【说明：一些地方把第171集和第172集（播出时为一小时特别篇）算为一集，但是根据神奇宝贝半小时左右一集的划分，这里算作两集。
若在171集之后没有在网络上找到相对应的集数，请尝试在下表所列集数序号上减一再搜索】 AG173.胡说树！黄金传说 AG174.哈利&火箭队！反派角色同盟成立？S/H AG175.小遥VS武藏！最后的华丽大赛（小遥得到缎带）S/H AG176.火箭队解散？！各自的道路S/H AG177.小刚与小智！用双打对战保护尼比道馆（小刚的大岩蛇已进化成大钢蛇） AG178.对战金字塔！对抗雷吉洛克 AG179.惊异！巨大请假王之山 AG180.开幕！神奇宝贝华丽大赛 华丽大型庆典！S/H AG181.小遥VS哈利!用双打比赛登上舞台！S/H AG182.小遥VS小瞬!最后的战斗!（小智收服长尾怪手，小遥的力壮鸡学会过热，小遥止步石英华丽大型庆典前四强）S/H AG183.长尾怪手与国王！ AG184.聒噪鸟与神奇宝贝相声 AG185.袭击！落单的玛狃拉！ AG186.再度挑战金字塔！VS雷吉斯奇鲁！（煤炭龟归队本集结束后离队，煤炭龟学会热风） AG187.小遥VS小瞬！永远的劲敌！（小遥的狩猎凤蝶已学会幻象术，向尾喵归队）S/H AG188.神奇宝贝中心忙得不可开交！ AG189.最初的神奇宝贝！最后的战斗！（小智的妙蛙种子、杰尼龟、喷火龙归队，喷火龙学会钢翼） AG190.决战！对抗雷吉艾斯！（妙蛙种子、杰尼龟、喷火龙离队，小智得到勇气象征并成为对战开拓区制霸） 尾声（191~192）AG191.小智对抗小遥！最后的战斗（小遥的力壮鸡进化成火焰鸡） AG192.旅程的终点，以及旅程的开始！（小遥、小智共同获得缎带。
小遥、小胜、小刚离队，小智的除皮卡丘和长尾怪手以外的神奇宝贝都放在大木研究所）
