宠物捕捉大师3D最后结局是，玩家最终成功收集了全部的神奇宝贝，并成功阻止了一众坏蛋的阴谋，在最后的挑战中，玩家被要求对抗全部收集到的神奇宝贝，而最终，玩家成功地拯救了无数受害者，随着神奇宝贝的收集，玩家也变得更加坚强，在击败坏蛋之后，玩家受到了来自所有神奇宝贝的尊重，而神奇宝贝也结成了玩家的朋友，在玩家和神奇宝贝的故事中，玩家最终获得...。